Die Diagnose ist über labordiagnostische Untersuchungen (Virusnachweis, Nachweis infektionsspezifischer Antikörper) abzusichern. Zuständig ist hierfür das FLI (Bundesinstitut für Tiergesundheit). Die Erkrankung ist beim zuständigen Veterinäramt anzeigepflichtig.
Da davon auszugehen war, dass das Virus sich in den kommenden Jahren weiter in Deutschland ausbreiten wird, empfahl die Ständige Impfkommission Vet im Herbst 2018 die Impfung von Pferden gegen das West-Nil-Virus zunächst in den bereits betroffenen Gebieten und in Abhängigkeit vom weiteren Seuchengeschehen auch im restlichen Bundesgebiet.
Bei zunehmender klimatischer Erwärmung ist zu vermuten, dass die Virusausbreitung in Mücken und Vögeln weiter in Richtung Norden fortschreitet. Im Laufe des Jahres 2020 sind insgesamt über sechzig infizierte Vögel, auch im Hamburger Raum, und zweiundzwanzig Ausbrüche bei Pferden festgestellt worden. Einige Pferde mussten unmittelbar aufgrund der Infektion euthanasiert werden. Betroffen sind nach wie vor hauptsächlich die Bundesländer Sachsen, Sachsen-Anhalt sowie Berlin-Brandenburg. Die StIKo Vet hält ihre ursprüngliche Empfehlung aufrecht, Pferde gegen WNV zu impfen. Umfassende Erfahrungen mit der Impfung von Pferden haben gezeigt, dass schwere neurologische Formen der Erkrankung durch die Impfung mit ausreichender Sicherheit verhindert werden können.
Es ist anzuraten, die Impfung rechtzeitig vor Beginn der Mückensaison, d.h. im Verlauf des Frühjahrs, anzusetzen, um in der Zeit der wahrscheinlichsten Virusübertragung in der warmen Jahreszeit die höchsten Antikörpertiter zu erzielen. Die Grundimmunisierung besteht aus 2 Impfungen im Abstand von 4 bis 6 Wochen, die Auffrischung erfolgt dann einmal im Jahr.